全转录组测序

全转录组测序研究，可同时分析同一样本中的多种RNA，是研究细胞表型和功能的重要手段，可深入挖掘生命现象背后的转录调控问题。lncRNA不编码蛋白，但可通过其保守的二级结构与蛋白、DNA和RNA相互作用，参与调控多种生物学过程，如指导染色质修饰、调控转录、转录后调控等。使用rRNA去除的方法来富集lncRNA和mRNA，之后进行建库测序，可分析lncRNA和mRNA的表达情况，并发现大量新的lncRNA及预测其靶标。

技术流程

技术优势

· 一个测序文库即可全面获得mRNA、lncRNA的信息

· 可预测新的lncRNA及其靶标

· 可变剪接、RNA编辑、SNP/InDel分析等多种个性化分析内容

· 可结合miRNA-seq、mRNA-seq数据，构建lncRNA-mRNA共表达网络、lncRNA-miRNA- mRNA共表达网络

结果展示

案例解析——lncRNA HCP5吸收miRNA促进甲状腺癌发展

RNA-seq：全转录组测序发现滤泡性甲状腺癌组织中lncRNA HCP5的表达量显著高于正常组织，同时人α-2,6-唾液酸转移酶2（ST6GAL2）的表达量也显著升高。

HCP5和ST6GAL2的过表达能够促进甲状腺癌细胞的增殖、迁移、侵袭以及血管形成能力，敲除HCP5和ST6GAL2则能抑制甲状腺癌细胞的这些能力。

寻找与lncRNA互作的下游miRNA：lncRNA和mRNA均有促进甲状腺癌的作用，于是作者向ceRNA调控方向探究，作者使用starBase和microRNA.org数据库发现HCP5和ST6GAL2有共同的潜在靶标miR-22-3p、miR-186-5p和miR-216a-5p。

并通过荧光素酶实验、Ago2蛋白RIP实验、RNA pull down实验等证明这些miRNA分别与HCP5、ST6GAL2的相互作用。敲除这些miRNA可上调ST6GAL2的蛋白表达量。

至此ceRNA调控网络中的关键因子都已确定，调控网络也呼之欲出了：miR-22-3p、miR-186-5p和miR-216a-5p能够靶向抑制ST6GAL2，lncRNA HCP5作为竞争性的内源RNA，能吸收miR-22-3p、miR-186-5p和miR-216a-5p，促进ST6GAL2的表达，从而促进甲状腺癌发生。

参考文献

Liang L, Xu J, Wang M, et al. LncRNA HCP5 promotes follicular thyroid carcinoma progression via miRNAs sponge[J]. Cell Death & Disease, (2018) 9:372