CLIP测序

CLIP-Seq（crosslinking-immunprecipitation and high-throughput sequencing）即紫外交联免疫沉淀结合高 通量测序， 通过高通量研究RNA结合蛋白（RNA Binding protein，RBP）在体内与众多 RNA 靶标的结合模式，并揭示其在一些重要生物学过程中的功能，是一项在全基因组水平揭示 RNA分子与RBP相互作用的革命性技术。也被应用到 miRNA 靶标鉴定、lncRNA生物学功能研究等工作中。

CLIP-seq 的应用范围：

（1）绘制全基因组范围的RNA和RBP相互作用图谱，解析“Argonaute（Ago）—miRNA—mRNA”三者的相互作用；

（2）RBP与miRNA、lncRNA等非编码RNA的作用网络与功能的发现；

（3）与 RIP-seq 相比，CLIP-seq可以鉴定RBP和RNA之间的直接相互作用，确定 RBP 与miRNA、lncRNA 等非编码 RNA 的精确结合位点。

案例解析

CLIP-seq 确定旁斑参与 pri-miRNA 加工成熟

旁斑是细胞核内的一种独立的核糖核蛋白小体，NONO、PSPC1、PSF 和 lncRNA——NEAT1，共同形 成旁斑结构。作者发现旁斑广泛参与 pri-mi-RNA 的加工，敲除其组成蛋白导致大部分 miRNA 表达下调。 在研究旁斑参与 miRNA 加工的机制中，作者首先使用了 CLIP 测序分别鉴定 NONO 和 PSF 直接结合的靶标 RNA。单独使用 NONO 抗体亦或 PSF 抗体都能将两个蛋白形成的异二聚体沉淀下来。CLIP 测序结 果显示：在 Hela 细胞中表达的 pri-miRNA 中，约 2/3 都被 NONO–PSF 结合，且 NONO 和 PSF 的结合峰 分布非常吻合，在产生 6 种成熟 miRNA 的 pri-miRNA 序列位置的结合峰尤其明显，说明 NONO-PSF 形成二聚体共同参与 pri-miRNA 的加工成熟。