RIP测序

RIP-seq（RNA immunoprecipitation and high-throughput sequencing）是RNA免疫沉淀与高通量测序结合的技术，它通过免疫沉淀目标蛋白来捕获蛋白体内结合的RNA。将捕获的RNA进行高通量测序，可获得RNA结合蛋白（RBP）在体内与众多RNA靶标的结合模式，并对其结合强度进行精确定量，最终通过分析目的蛋白在体内结合RNA的动态变化，阐述出目的蛋白对基因表达调控的分子机制。RIP-seq技术可绘制全转录组范围的RNA和RBP（RNA结合蛋白）相互作用图谱，解析“Argonaute（Ago）-miRNA-mRNA”三者的互作。但是RIP-seq并不局限于miRNA与RBP的传统研究，lncRNA和多种蛋白互作、广泛的参与生物学过程，RIP-seq用于发现RBP与lncRNA的互作网络也为lncRNA的细胞机制和疾病的发生、发展研究提供了新的线索和方向。

建库方法及技术流程

结果展示

A）IP质检结果（IP-上清：抗体免疫沉淀上清中目的蛋白检测，Input：样品裂解液中目的蛋白检测，IP：抗体富集目的蛋白检测，IgG：IgG富集目的蛋白检测)；

B）reads在所有基因功能区域的累积分布（上）和每个基因上reads的分布情况（下），红色代表覆盖度深；

C）Peak在基因各功能区的分布统计；

D）reads在基因上的覆盖情况：在peak区域，IP的reads覆盖度高于input， （横轴为基因位置，左边纵轴为覆盖度）。