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circRNA测序


环状RNA(circular RNA,circRNA)是最近发现的一类特殊的内源非编码RNA,它大量存在于真核细胞胞质内,主要由pre-mRNA在可变剪接的过程中,将上游exon的5’端与下游exon的3’端剪接到一起,形成的首尾相接的环状RNA分子。

它常被发现起到miRNA海绵的作用,在细胞生长发育,功能代谢和某些病理反应中发挥重要的调控作用。例如,circRNA可以作为竞争性内源RNA(competing endogenous RNA,ceRNA)结合胞内miRNA,通过circRNA-miRNA-mRNA的途径来阻断miRNA对其靶基因的抑制作用。除此以外,circRNA也具有调控其他类型RNA、调节蛋白质活性等功能。

建库方法及技术流程

技术优势

  • 低至10ug RNA的建库起始量

  • 采用链特异性建库方法,能更好鉴定circRNA的正反义链来源

  • 联合miRNA测序数据,研究ceRNA调控机制

结果展示

差异表达circRNA MA plot

差异表达基因聚类分析

circRNA的靶miRNA预测



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