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表观遗传学研究

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组蛋白ChIP测序

ChIP测序(Chromatin immunoprecipitation and high-throughput sequencing,ChIP-seq)是将染色质免疫沉淀与高通量测序相结合的技术,通过蛋白免疫相互作用, 用抗体把和染色质相互作用的蛋白(如组蛋白、 转录因子等)沉淀下来, 从而获取与其结合的 DNA 序列,捕捉到细胞内动态的、瞬时的组蛋白与DNA之间的相互作用,从而所获取与其相结合的DNA序列,确定修饰组蛋白在染色质上的具体位置。可以一次性得到修饰组蛋白在整个基因组上的结合分布,得到修饰组蛋白精确的结合位点以及结合基序等信息。

若同时辅以转录组测序,则可以帮助得到修饰组蛋白对全细胞基因表达的调控模式,大幅提高对修饰组蛋白的功能认识。这种在 DNA-蛋白质相互作用研究方法上的重大突破,极大的推进了表观遗传学的发展。

技术流程

技术优势

  • 多重质控:每一个关键节点均有严格质控,ChIP-seq流程完整可控、高质量ChIP-seq结果更有保障。

  • ChIP实验质控:input、ChIP上清做对照,保证ChIP效率,IgG、内参蛋白做阴性对照,保证ChIP特异性。

  • 提供图片:提供文章发表级别的WB图片,提供个性化售后,文章发表无后顾之忧。

  • 数据分析:自主开发的分析流程,特有的Peak calling技术,可提供个性化、多组学关联分析,帮助解析目的蛋白调控机制。

  • 项目经验:公司已完成1000多项ChIP-seq、RIP-seq、CLIP-seq实验及测序分析服务,包括动物(人、小鼠、大鼠、人、羊、牛、鸡、猪、鱼等)、植物(拟南芥、水稻、棉花、小麦、土豆、番茄、苹果、葡萄、白菜、苜蓿二穗短柄草等)、微生物(大肠杆菌、禾谷镰刀菌、弧菌等)50余物种的IP项目。

  • 高成功率:组蛋白ChIP-seq成功率接近100%,转录因子ChIP-seq成功率超过95%,RIP-seq、CLIP-seq成功率接近95%。

结果展示

项目经验:

华瑞邦研已完成上百个IP(ChlP、RIP、CLIP,MeRIP)项目,包括50多个物种的各种类型蛋白,如组蛋白(H3K4me3、H3K9me3、H3K27me3、H3K36me3、H3K14ac等)、转录因子、解旋酶、剪接因子等,不惧复杂组织挑战。

ChIP质检结果:

Input 的目的带证明样品表达目的蛋白。IP与Input、lgG比较可知祥品中目的蛋白经免疫沉淀,有明显的特异性富集, ChlP 实验成功。 lgG 无目的带,排除其他因素对 ChlP 实验的影响。( 注. 抗体重链条带因二抗结合一抗、 lgG 重链产生。)


Reads 在基因区的分布:

本结果为未经peak calling 的原始reads 在基因上的分布。好的ChlP-seq reads 会根据蛋白的特征表现出不同的分布模式。

Peak Reads 在TSS的分布图:

TSS (转录起始位点)上下游是组蛋白和转录因子主要结合、调控的区域, 通常大忌出现结合峰。

reads在Peak关联基因上的分布图:

选取筛选到Peak的基因,作图展示比对到该基因的reads的覆盖深度分布,横坐标表示基因位置,纵坐标为reads数(reads count)‘

Motif分析:

Peak相关基因的GO/KEGG Pathway 富集分析:




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